随着抗生素的广泛使用和滥用，耐药菌的出现与蔓延已成为全球公共卫生领域面临的严峻挑战。临床常见耐药菌不仅增加了医疗成本，也显著提高了其治疗失败率和死亡率的风险。揭示其细菌耐药机制、传播途径以及开发新的治疗方法和预防策略意义重大。

　　今天，检验君为大家分享的是同济大学附属上海市肺科医院检验科余方友教授团队近年来关于耐甲氧西林金葡菌、肺炎克雷伯菌、结核分枝杆菌等临床耐药菌的研究前沿。

　　近年来，碳青霉烯耐药高毒力肺炎克雷伯菌因具备耐药谱广和致死率高两大特点，给我国乃至全世界的抗感染治疗带来严峻的挑战。

　　日前，同济大学附属上海市肺科医院检验科余方友教授团队的一项研究通过遴选和表征KL1、KL2和ST11-KL64型三种典型碳青霉烯耐药高毒力肺炎克雷伯菌的分子特点和差异，探索了促使优势克隆群流行传播的相关因素。该研究发表在Drug Resistance Updates（IF:24.3）。

　　该研究从11家教学医院中分离出109株碳青霉烯耐药高毒力肺炎克雷伯菌，依据进化分析从中遴选出KL1型CR-hvKP、KL2型CR-hvKP及ST11-KL64hv-CRKP三株典型的碳青霉烯耐药高毒力肺炎克雷伯菌进行后续研究。

　　研究发现，与ST11-KL64hv-CRKP相比，KL1、KL2高毒力谱系的耐药性决定因素明显较少，对抗生素的耐药性水平较低。尽管在所有这些分离株中都能检测到blaKPC基因，但KL1/KL2-hvKP菌株没有表现出相应的高水平碳青霉烯类耐药性。与抗性特征不同，该研究并没有观察到三种菌株之间显著的毒力差异。研究中的ST11-KL64 hv CRKP与KL1和KL2 hvKP相比，表现出相似的粘膜粘度、铁载体和生物膜产生。ST11-KL64-hvKP的高通气性也在人肺上皮细胞感染和梅洛内氏菌感染模型中得到了验证。

　　此外，该研究发现pLVPK样毒力质粒和IncF-blaKPC-2质粒对形成高毒力和耐碳青霉烯的肺炎克雷伯菌至关重要。在这些毒力质粒和blaKPC-2质粒中，转移位点起源（oriT）的保守性表明，毒力质粒可以在blaKPC-2质粒的帮助下转移到CRKP。毒力质粒和blaKPC-2质粒的共存促进了ST11-KL64hv-CPKP的形成，从而在抗生素作用下行成院内感染。

　　总之，该研究发现ST11-KL64 hv-CPKP具有耐药谱广和致病性高的特点，是未来急需关注的高危克隆群。

　　结核病是一种由结核分枝杆菌引起的传染性疾病，对全球公共卫生持续构成重大威胁。随着结核分枝杆菌耐药菌株的出现，也对我们的检测工具提出了新要求。但目前而言，不同诊断试剂盒在诊断效率、抗结核药物覆盖范围和相应的耐药基因位点方面存在一定差异。

　　日前，同济大学附属上海市肺科医院检验科余方友教授团队的一项研究表明，靶向NGS测序技术（tNGS）在结核病鉴定及一线耐药检出方面表现出巨大潜力。该研究发表在Journal of Infection（IF：28.2）。

　　该研究纳入疑似肺结核患者130例，使用tNGS对参与者支气管肺泡灌洗液的cfDNA进行结核分枝杆菌检测以及一线耐药检测。发现tNGS对结核分枝杆菌的检出率为63.1%，明显高于抗酸杆菌涂片镜检、培养和免疫学检查的检出率。与快速自动化的实时核酸扩增检测方法（Xpert MTB/RIF）相比，tNGS表现出几乎相同的灵敏度，特异度、临床符合率差异均无统计学意义。

　　随后，通过一线抗结核药物耐药检测，Xpert检出4例利福平耐药，对比药敏试验，发现存在1例假阳。该假阳案例经tNGS和药敏试验检出均为异烟肼耐药。以药敏试验为参照标准，tNGS检测利福平耐药性的敏感度和特异度均为100%，检测异烟肼耐药性的灵敏度和特异度分别为80%和100%。

　　总之，该研究表明tNGS检测方法对结核病诊断具有一定的指导意义，其检出效能或与Xpert MTB/RIF相当，表明tNGS技术或可成为结核病诊断中一项有潜能的新技术。

　　耐甲氧西林金葡萄球菌（MRSA）是一种对许多抗生素具有抗药性的细菌，能够引发严重的感染。近年来，一种名为ST764的MRSA克隆型在中国和亚洲其他地区快速传播，备受关注。然而，我国对MRSA ST764的遗传特征和毒力特征的了解仍然有限。

　　日前，同济大学附属上海市肺科医院检验科余方友教授团队的一项研究探所了我国新出现的高毒力MRSA ST764-t1084克隆型的遗传特征和毒力特征，为制定感染预防和控制措施提供参考。该研究发表在Emerging Microbes & Infections（IF:13.2）。

　　在该项研究中，研究人员鉴定了2014年至2021年间从我国五个城市收集的52个ST764 SCCmec II型分离株。全基因组测序显示，我国ST764最常见的葡萄球菌蛋白A（spa）类型为t002（55.78%）和t1084（40.38%）。毒力测定表明，ST764-t1084菌株具有较高的溶血活性和α-毒素水平。在影响α-毒素产生的关键调控因子中，只有SaeRS在ST764-t1084分离株中高表达。

　　小鼠脓肿模型表明，ST764-t1084分离株的毒力与以高通气性著称的金葡萄球菌USA300-LAC的毒力相当。有趣的是，ST764-t002分离株比ST764-t1084分离株表现出更强的生物膜形成和细胞粘附能力。这也可以解释为什么ST764-t002亚克隆近年来在中国越来越普遍。

　　系统发育分析表明，中国ST764分离株与日本KUN1163分离株亲缘关系密切。值得注意的是，基因组分析显示，52个ST764分离株不携带精氨酸分解代谢移动元件，这与日本的ST764隔离株不同。此外，与KUN1163相比，大多数ST764分离株（69.23%）在SCCmec II盒区具有约5kb的明显缺失。

　　总之，该研究揭示了MRSA ST764-t1084克隆型的遗传特征和毒力特征，可为制定感染预防和控制措施提供参考。

　　世界卫生组织已经确定了新的结核病诊断的优先目标产品，其中包括基于快速生物标志物的非痰液诊断测试，使用易于获取的样本。结核分枝杆菌宿主反应检测试剂（MTB-HR）能够检测人全血、指尖血结核特异性宿主应答反应，通过评估3个特征基因（GBP5、DUSP3、KLF2）的表达水平来辅助诊断结核病。

　　日前，同济大学附属上海市肺科医院检验科余方友教授、结核科沙巍教授团队探究了MTB-HR多结核病筛查和分类试验的潜力，并表明其具有更高的诊断收益。该研究发表在Emerging Microbes & Infections（IF:13.2）。

　　该研究纳入了192例活动性结核病患者、137例结核分枝杆菌潜伏感染者、224例其他肺部疾病患者以及100名健康志愿者。发现MTB-HR在区分未经治疗的活动性结核病与非活动性结核病、结核分枝杆菌潜伏感染、其他肺部疾病和健康志愿者方面的相应AUC值分别为0.814（95%CI：0.760-0.868；敏感度为76.1%，特异度为71.6%）、0.739（95%CI：0.667～0.812；敏感度为59.7%，特异度为78.1%）、0.825（95%CI：0.770～0.880；敏感度为82.1%，特异度为65.6%）、0.892（95%CI：0.839～0.945；敏感度为76.1%，特异度为88.0%）。当只纳入TAT小于1小时的标本时，MTB-HR在区分未经治疗的活动性结核病与非活动性结核病的AUC最大，为0.920（95%CI，0.822-1.000，灵敏度81.3%，特异性87.7%）。

　　该研究表明，MTB-HR检测表现出一种快速活动性结核病筛查和分类的潜力，特别是对于未经治疗的活动性结核病，由于血液更容易获得，因此具有更高的诊断收益。

　　多重耐药肺炎克雷伯菌因耐药谱广、致死率高及传播速度快而闻名。质粒介导的获得性耐药，是促进其形成的重要因素。CRISPR-Cas系统具备特异靶向耐药基因或质粒的特点，作为防控耐药菌形成的潜在策略备受关注。

　　日前，同济大学附属上海市肺科医院检验科余方友教授、复旦大学附属华山医院检验科蒋晓飞教授、Hackensack Meridian医学院Liang Chen教授团队的一项研究探索了肺炎克雷伯菌所携带的天然CRISPR-Cas3系统在消除IncFII型多重耐药流行质粒的应用，为利用内源性CRISPR-Cas3系统解决肺炎克雷伯菌多重耐药问题提供有力支持。该研究发表在EBioMedicine（IF:11.1）。

　　该研究检测了来自肺炎克雷伯菌基因组的725个完全测序的IncFII质粒中的匹配原间隔区。然后，重新设计了一个天然的CRISPR-Cas3系统，并通过偶联提供CRISPR-Cas3系统。应用质粒杀伤效率和lonella感染模型评估CRISPR-Cas3的体内外免疫。

　　基因组分析显示，大多数IncFII质粒可以被具有多个匹配原间隔区的天然CRISPR-Cas3系统靶向作用，并且靶向区域在不同的IncFII载体中高度保守。这种偶联的内源性CRISPR-Cas3系统在意大利黑加仑菌感染模型中的体外和体内表现出较高的质粒治愈效率，并在系统进入易感细菌宿主后提供了对IncFII质粒入侵的免疫。

　　总体而。